Van egy monda, miszerint a török időkben az abaligetiek a falu határában található barlangba menekültek az ellenség elől. Volt azonban egy áruló, aki a törökök tudomására hozta a rejtekhelyet, akik a barlang előtt tüzet gyújtva próbálták meg kifüstölni az ott rejtőzködőket. A magyarok a füst elől a barlang belseje felé húzódva a hegy túloldalán másik kijáratra leltek, azon át kimászva hátba támadták az ellenséget, melynek egy része a barlang előtt lelte halálát, mások a barlangba menekülve a füsttől fulladtak meg.

Hogy a történet igaz, vagy sem, azt ma már senki nem tudja megmondani. Az azonban tény, hogy a falu plébániáján őrzött írásos emlék szerint az Abaligeti-barlang előürege 1758-tól a falu plébánosának Riedl Antalnak, háza felépültéig pincéül szolgált. Innen származik a mai is használatos Paplika elnevezés.

Az előüreg hátsó részében a járatot haránt fekvésű szikla zárta el, mely felett szűk garaton át folyt ki a víz. A barlangból kiömlő, Katya-patak névre keresztelt vízfolyás akkoriban több vízimalmot hajtott. 1768-ban egy helybéli molnár, bizonyos Mattenheim József, a patak vízhozam ingadozásának okát kutatva, vállalkozó kedvű társaival bemászott a fentebb említett szikla mögé és bejárta a barlangot, a történet szerint ott egy deszkát talált. Később fia, ifjabb József nevezett deszkát kihozta a barlangból.

Az Abaligeti-barlang első részletes vizsgálatát Kölesi Vince bicsérdi ispán végezte, aki 1819-ben a helyi ispánnal bejárta a barlangot és elkészítette alaprajzát és hosszmetszetét. A térkép és kézirat jelenleg a Pécsi Káptalan Levéltárában található. Munkája egy évvel később a Tudományos gyűjteményben jelent meg, szemléletesen bemutatva a barlangban látható képződmények helyét, alakját. A páratlan szépségűnek leírt képződmények nagy része a későbbi rongálások eredményeképp mára már teljesen eltűnt, a barlang inkább változatos formakincséről ismert.

A természetes állapotba való első komolyabb beavatkozások 1833-ban történtek, amikor Festetics Lajos saját költségén robbantással tágíttatta a bejárati részt. Ennek ellenére, illetve a későbbi járdaépítések miatt a látogatók az első kb. negyven méteren csak meghajolva közlekedhetnek, helyenként a járat magassága épp, hogy eléri az 1 métert.

A barlangot egyre nagyobb érdeklődés övezte, és az 1800-as évek vége felé már belépőjeggyel, hivatásos vezetővel lehetett megtekinteni. 1884-ben a falu plébánosa, Chalupni János közadakozásból és saját pénzét hozzátéve a bejáratot bányászokkal tovább tágíttatta és a patak fölé 36 tölgyfa hidat készíttetett. 1900-ban egy Párizsban megjelent, a világ 100 csodáját ismertető kiadványban is szerepelt a magyarországi Abaligeti-barlang.

A későbbiekben a barlang hol elhanyagoltan, kihasználatlanul árválkodott, hol a helyi plébánosok által felkarolva, működött, majd az 1950-es évekre teljesen tönkrement. Ekkor a Baranya Megyei Idegenforgalmi Hivatal vette kezelésébe a barlangot és 1957-ben, a közlekedést járdákkal és korlátokkal biztonságossá téve, villanyvilágítást bevezetve nyitották meg újra a nagyközönség számára.

A barlang berendezései az idők során elhasználódtak. A Duna-Dráva Nemzeti Park Igazgatóság 1996. április 1-én vette át a barlang kezelését és a mai kor követelményeinek megfelelő korszerű berendezés kiépítését, melynek köszönhetően a barlangi környezetbe jobban illeszkedő betonjárdák, rozsdamentes acél korlátok és lépcsők, valamint korszerű, szakaszolt világítás került a kiépített járatba és az Abaligeti-barlang 2001 novembere óta megújult formában várja a látogatókat.